脑神经损伤原因不同，因此治疗脑神经损伤的药物也有所区别，但是部分药物均需要使用，所有脑神经损伤均会引起脑水肿，尤其在疾病早期和初始发展阶段，几乎所有脑神经损伤都要使用脱水药物，另外水肿严重时，可能会短期使用糖皮质激素，减轻神经水肿，这两个药几乎是所有神经损伤的公共药物。
其他药物要根据导致脑损伤的不同原因选择，比如严重脑外伤，患者除使用脱水药物和糖皮质激素外，无需特殊用药。如果合并蛛网膜下腔出血，可能需要静脉点滴尼莫地平、法舒地尔来保护脑细胞。如果脑供血不足，可能需要用活血化瘀的药物。如果是脑出血，基本无特殊药物。此外在疾病恢复期可以用神经保护剂，即神经营养药，包括尼莫地平、尼麦角林、长春西汀、依达拉奉等，均属于神经保护剂范畴，此外胞磷胆碱可以广泛用于各个原因造成的脑损伤。
