骨髓移植捐献者会有疼痛感。骨髓移植如果是亲属之间，采用骨髓和外周血干细胞，所以骨髓移植后可能伤口会有疼痛，但通常持续2-3天会逐渐好转和缓解。一次骨髓移植相当于一次献血，因为采集骨髓有可能数百到上千毫升，所以之前会进行自体储血，然后再做骨髓的抽取，移植后再将储存的血液输回体内，所以身体的损失相当于一次献血。
捐献者通常都是通过中华骨髓库中无关供者的捐献，采用外周血干细胞，外周血干细胞的捐献通过注射动员剂、粒细胞集落刺激因子，5天后将静脉连接到机器，进行外周血干细胞的采集。注射时有可能会出现骨头酸疼等类似感冒的症状，甚至部分病人出现低热、低烧，采集过程中有可能出现低钙、恶心、抽筋，但是比较轻微且能够耐受。采集足量的干细胞需要1-2天，对捐献者的身体影响和伤害会降到最低。
