囊肿通常均为良性，部分恶性囊肿称为囊皮恶性病变或囊肿的恶性病变。乳腺囊肿、甲状腺囊肿多半是良性，通常胰腺囊肿表现为恶性，胰腺出现囊肿时多考虑恶性。
囊肿发生在胰腺时，第一时间按照良性考虑并处理。囊肿是炎性则给予抗炎对症治疗，观察疗效，未见疗效时，进一步做增强CT，予以检查和分析。肾囊肿表面是囊肿的形式，做CT在分析时发现囊肿皮表皮较厚，观察到类似毛刺向里或向外，此时考虑是否是恶性。
囊肿的恶性和良性区别主要是根据部位，此外囊肿应按照良性处理，尤其是炎症性的，观察治疗效果。对于非炎症性，先定期观察，每3-6个月进行超声，并予以进行对比。如果囊肿逐渐增大或囊肿内存在混杂样阴影，考虑是否为恶性或者恶变。
