功能性便秘指没有发现器质性问题，没有找到药物等其它原因，称为功能性便秘，可以分为慢传输型，出口梗阻型以及混合型。慢传输型为胃肠道运动较慢造成，出口梗阻是在排便出口处出现问题，混合型为两种情况都存在。
慢性功能性便秘要区分于器质性疾病，较多器质性疾病可以引起便秘，比如肠道长肿瘤造成消化道梗阻，或者其它炎症等造成消化道梗阻，会出现便秘。肠道本身有其它问题，如神经系统问题，以及内分泌、风湿等全身性疾病，会造成便秘，这些都称为器质性疾病。
某些药物引起的便秘，在临床上也会见到，通过各种检查，包括做CT、磁共振等影像学检查，还有肠镜、内镜检查，以及抽血化验，排除内分泌、电解质等情况。除外上述情况以后，再考虑是功能性便秘。
专科医生要注意功能性便秘和其它疾病进行鉴别，为肠易激综合征的便秘型，这两个疾病有时较像。
