3个月的孩子出现咳嗽能不能自愈，主要看引起咳嗽的原因。有些孩子咳嗽很轻微、偶尔发生，并且没有痰液以干咳为主，可能孩子并没有严重的病态，有些只是因为唾液吞咽不协调，导致偶尔咳嗽，不需要特别处理，只需要观察，随着孩子长大，会自行恢复。

更多的情况下，孩子出现咳嗽可能是和呼吸道感染相关，对于小月龄孩子大部分呼吸道感染都是病毒感染所引起，病毒本身可以自愈，使用抗病毒药或者抗生素也没有意义。所以病毒感染可以等待自愈，自然病程在1周左右。

如果孩子咳嗽比较明显，虽然是病毒感染引起，针对咳嗽本身也可以考虑给孩子用药缓解症状。比如可以给孩子做雾化或者使用祛痰、止咳药物，有助于缓解症状，最终还是要等待自然病程。

也有些孩子是因为细菌、支原体等病原引起的呼吸道感染，自愈可能不太容易，需要正规使用抗生素或者抗支原体等药物帮助孩子去根除病原，有助于呼吸道感染的彻底恢复。