新型肺炎阳性和阴性即核酸检测。如在早期筛查阶段发现核酸阳性，提示可能为感染者，确诊依据为核酸检测阳性。如有流行病学史，有临床症状，且核酸检测阳性，可以确诊感染。如果检测为阴性，不能排除一定无感染。受试剂灵敏度、采样标本是否准确影响，检测存在假阴性可能。对于疑似病例，有流行病学史，有临床症状支持，如检测一次阴性无法排除，要求至少两次阴性，且两次检测要间隔24小时才可排除。
新版诊疗方案里增加了抗体检测，要求疑似病例超过病程7天、核酸阴性抗体阴性才能够排除。核酸检测阳性和阴性用于区别已经确诊的感染者，如核酸检测从阳性转成了阴性，说明体内病毒量减少。经治疗以后症状好转，检测达到两次阴性的确诊病例才可达到出院标准。个别地区建议做痰核酸检测、粪便核酸检测，均为阴性才可证明患者没有传染性，可以出院。