子宫内膜异位症和不孕症密切相关，大概有1/3以上的不孕症的患者都是由于子宫内膜异位症导致，也就是子宫内膜异位症是导致不孕的主要原因。大约有50%子宫内膜异位症的患者不易怀孕，或者是存在着不孕问题，比如过去就有痛经，或者是有卵巢巧克力囊肿的患者，结婚以后多年不怀孕，这样都应该详细及早检查。不孕的患者人群，大概是30%-50%和内异症密切相关。也有一些不孕的患者反复查找原因之后，发现实际上是内异症导致不孕。内异症会导致不孕实际上是全方位、多因素的影响，比如从疼痛，不能够正常的夫妻生活到性生活质量下降，会导致生育率下降。整个盆腔粘连，盆腔解剖结构异常，输卵管蠕动异常，这些都可以导致不孕，比如子宫内膜容受性降低，盆腔免疫环境改变。这些因素都可能导致不孕。
还有一些患者经过取卵，反复取到好质量的卵，做试管婴儿也不能成功，因为内异症的患者可能会有卵巢巧克力囊肿发生，可能会影响取卵，以及卵子的质量等问题。还有一些患者做手术以后，卵巢功能下降，卵泡的质量也下降，这样的问题可能导致受孕率下降以及不孕发生。