甲状腺囊肿和甲状腺结节很难明确判断哪个更严重，主要是看病变的性质。一般良性的病变都可以选择观察等待，除非良性病变较大，形成局部的压迫症状，造成局部的吞咽困难或者声音嘶哑。对于恶性的病变，一旦明确性质，就需要进一步进行根治手术治疗。
对于甲状腺癌，一般都需要进行甲状腺的根治性切除，同时做局部区域性的淋巴结根治性清扫。在绝大多数情况下，甲状腺囊肿是良性改变，但极少数也会发现囊肿恶变的情况。因此对于可疑的囊肿，或者比较大的囊肿、囊壁比较厚的囊肿，也会建议穿刺，穿刺囊液送病理检查，寻找是否有癌细胞。
对于甲状腺结节，尤其是形态不规则、有钙化点的结节，高度可疑甲状腺癌的结节，也要进行穿刺，明确甲状腺结节的性质，避免延误病情，影响患者的生存期和生活质量。
