支原体感染患者出现咳嗽首先要进行抗炎治疗，抗支原体治疗常用的是红霉素类，如阿奇霉素、罗红霉素类药品。部分病人可以出现耐药，耐药的情况下可以选择喹诺酮，比如左氧氟沙星、莫西沙星等。使用这部分药品时应注意年龄，儿童要慎用喹诺酮类药品。除此外要加用利痰或者祛痰药品，祛痰药品的选择比较多，比如甘草类制剂、桉柠蒎、桃金娘油等，后两种药品有明显增加纤毛活性的功能。还可使用使痰液稀薄的药品，比如氨溴索。同时建议患者进行拍背、震荡等物理方法排出痰液。
支原体感染病人往往有呼吸道症状，主要表现为咳嗽、咳痰。支原体肺炎病人咳嗽比较严重，但咳痰非常困难，因为痰液特别黏稠、不易咳出。原因除痰液黏稠外，还因为支原体寄生于呼吸道的纤毛上皮之间，会破坏纤毛组织。所以黏稠的痰液依附在气道表面，纤毛不能将其甩出，导致咳痰困难、痰液黏稠。
