需要明确的是胃小间质瘤不会自己消失，更谈不上癌变。有时临床上在胃镜下会观察到胃有小隆起，可能非常小，过一段时间以后再复查时可能没有看到，此时可能就会误以为胃小间质瘤自己消失，这种情况可能是没有观察到，或者病变确实太小而没有在报告上出现。
从另一个角度上来讲，胃小间质瘤也不会发生癌变。胃小间质瘤是来源于胃的间叶细胞，而癌是胃癌，是来源于腺上皮细胞，胃癌是恶性疾病，但胃小间质瘤不用良恶性来评判，而是用危险程度来评判。胃小间质瘤的危险程度分为极低危、低危，中危和高危，一般很小的瘤体往往是极低危，危险程度非常低，可以理解为良性，与癌是不同的疾病。
