引起上呼吸道感染最常见的细菌是溶血性链球菌，它是口腔的定植菌，除溶血性链球菌之外，引起上呼吸道感染的细菌，还可以有肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、葡萄球菌等，偶尔可以见到革兰氏阴性杆菌。引起上呼吸道感染的病原菌中，细菌只占20%-30%，70%-80%的上呼吸道感染由病毒感染引起。
引起上呼吸道感染的病毒可以达到两百多种，较常见的有鼻病毒、腺病毒、流感、副流感病毒、呼吸道壳孢病毒、柯萨奇病毒等，接触病原体并不一定致病，与人群的易感性、接触的病原体数量有关，在一定的诱因下，如淋雨、受凉、过度劳累，都可以使呼吸道的局部免疫力下降，就会给病原体的增殖提供有利的机会。
