脱氧核糖核酸DNA的序列测定，一般是为了明确病毒是否变异，是否出现了耐药，一般可以采取全基因组的序列测定，也可以采取某一段的序列测定。全基因组的序列测定，既可以明确已知的变异位点，也可以发现未知的变异位点。对于某一段的序列测定，一般是针对已知的几个耐药位点进行测序。

临床上应用较多的是乙肝病毒的DNA序列测定，通常用于判断病毒是否出现了耐药，是否出现了变异。一般情况下，如果经过了抗病毒治疗，乙肝病毒DNA没有阴转，治疗效果不好，这时就需要判断是否病毒出现了变异，对于应用的抗病毒药物出现了耐药，所以出现效果不好，这时需要进行DNA的序列测定。

另外一种情况，在抗病毒治疗过程中，如果开始抗病毒效果非常好，HBV-DNA已经阴转，但没有停用治疗的药物，在治疗过程中，乙肝病毒HBV-DNA再次出现阳性，这种情况下，要怀疑抗病毒药是否出现了耐药，病毒是否出现了变异，这时也需要进行HBV-DNA的序列测定。