核磁共振检查需要分部位，例如颅脑、颈椎、腰椎等。颅脑检查根据不同临床目的选择扫描方式，常规颅脑检查称为颅脑核磁共振扫描，明确脑动脉异常，怀疑脑动脉血管异常，需要选择脑动脉MRA检查。怀疑脑静脉系统异常，选择脑静脉MRV成像，专门检测颅脑静脉血管。
耳鼻喉科如果观察内耳、耳蜗、听神经有无异常，此时需要选择内耳水成像，因此颅脑检查序列较多，结合不同临床目的进行选择。发现肿瘤通常需要进行增强扫描，血管注入药物观察肿瘤血供情况。神经外科如果明确脑神经纤维束改变，需要进行神经纤维束成像，称为DTI检查。其它部位相同，如腹部检查，如果怀疑胆道系统疾病，需要选择专门的胆道系统水成像，称为MRCP检查。总之，根据不同临床目的选择具体核磁共振检查方式。
