艾灸的方法较多，在过去直接将艾绒放在身体皮肤上点燃，现在此种方法已逐渐淘汰，因为会引起瘢痕。在过去还有瘢痕灸，但现在也极少使用。现阶段临床上主要采用悬灸，即点燃艾条后对着皮肤大概1寸的距离灸，体感温度觉得合适即可，根据自身感觉调节艾灸距离，以1寸为度，不宜低于1寸。

艾灸点完以后在燃烧的火头附近会有很多灰，如果有灰包围，温度就会降低，可能离的很近都不会觉得热，这时候就需要将烟灰弹掉，露出红颜色的火头，此时艾灸的热度即可非常充分。艾灸时可以在治疗部位悬灸，也可以来回画圈灸，称为回旋灸。

此外，也可使用艾灸盒固定在身体的躯干位置，然后将艾条塞到上面的洞中，不影响患者活动，或者使用比较大的艾灸盒，患者可以躺在床上，将艾灸盒放在腹部，放在中脘胃的位置或者放在腰骶部位进行艾灸。