手术减肥的并发症包括短期并发症和长期并发症，具体如下：

1、短期并发症：包括出血、梗阻、吻合口瘘等。肥胖患者可能存在呼吸系统障碍，如果没有经过很好的训练准备，可能合并呼吸睡眠暂停综合征。单从手术方面而言，减肥手术可能导致出血，消化道重建或把胃做修正切除后可能导致梗阻。现在大家顾虑最多的是瘘的情况，瘘后消化液即可能进入腹腔，引起各种感染，如果经久不愈，进食后会频繁漏出；

2、远期并发症：包括营养不良、营养不良性贫血以及与营养不良相关的一系列情况。

但循证医学发现，减重手术并发症发生几率很小，因此已经成为公认的标准手术方式。