肝囊肿介入治疗后有复发风险，但复发几率不高。肝囊肿介入治疗复发的机理跟操作过程、操作方法有关。超声引导下的肝囊肿穿刺硬化治疗与外科手术治疗机理截然不同，外科手术治疗是将整个肝囊肿全部挖掉，超声引导下是进行穿刺把囊肿里的液体拿掉，但液体外面的囊壁还存在，就相当于气球把内的气体放掉后，气球仍存在，因此有可能造成复发。
复发原因较多，因为囊肿内的液体抽掉后，囊肿内呈相对低压状态，有可能周围液体渗出后会使囊肿成低洼地，导致液体灌到囊肿。但若处理好，复发几率相对较少，将液体抽掉后还会注射打硬化剂，打硬化剂的目的是使囊壁完全硬化、坏死，分泌的液体可能因药物作用也无法分泌。因此只要做好介入治疗，肝囊肿复发几率还是比较少。
