益生菌无法治疗霉菌，但可在治疗霉菌阴道炎时，使阴道环境不利于霉菌生长，起到协助作用。霉菌性阴道炎是由于阴道菌群失衡，导致霉菌无限制生殖，从而引起感染。霉菌属于阴道的正常寄生菌，是条件致病菌，即在特定条件下才可能生长，若条件不存在，身体处于较稳定状态时，不易生长。

虽然较多人阴道中均有霉菌，但不是所有人均会发生霉菌阴道炎，与身体状态相关，如精神压力大、熬夜、饮食等问题均可能导致霉菌阴道炎发生。益生菌可使阴道环境以较快速度恢复正常状态，所以治疗霉菌同时需以抗霉菌治疗，在此基础上再用一些益生菌，可使霉菌阴道炎治愈速度加快，用药疗程减少。