一般鼻拭子比咽拭子稍微痛苦，因为需要经过鼻腔。如果鼻腔内存在结构异常，如鼻中隔偏曲或鼻甲肥大等或存在鼻腔内增生，比如鼻息肉或操作者对于鼻部的解剖结构不是特别了解，有可能拭子棉签，不容易通过鼻腔到达鼻咽部或损伤鼻黏膜，而引起局部的出血或发生疼痛等不适感。

检查新冠病毒核酸时，常需做鼻拭子或咽拭子。鼻拭子是指将拭子棉签从鼻腔深入，一直伸到鼻咽部，取分泌物进行涂片。咽拭子是通过张口，直接在口腔的咽后壁以及扁桃体窝内取样本。由于张口后，咽后壁以及扁桃体窝都能观察到，所以在进行咽拭子的操作时会更容易，所以鼻拭子比咽拭子稍微痛苦。