反流性食管炎的治疗与治疗反流性食管炎相同，即使用质子泵抑制剂、胃动力药以及辅以胃黏膜保护剂。反流性食管炎主要的症状是烧心、反酸、胸部痛或者喉咙堵，是食管炎本身的症状。
但反流性食管炎也有食管外的症状，比如咳嗽、慢性咽炎、肺炎、哮喘、猝死，所以临床上呼吸科有时找不到原因的咳嗽，则会推荐患者到消化科就诊，考虑是反流性食管炎引起的咳嗽。
这时应给予患者质子泵抑制剂，如泮托拉唑、奥美拉唑，尽量使用进口的质子泵抑制剂，同时加用胃动力药，如莫沙必利、伊托必利。如果效果不好，则可以加用保护胃黏膜的药物，比如胃达喜、硫糖铝、铝镁混悬液。另外患者应改善生活方式，尽量避免头低位，少吃辛辣、刺激食物，尽量少抽烟、喝酒。
