大多数情况下清洗扁桃体隐窝不会痛，扁桃体隐窝灌洗往往用于慢性扁桃体炎隐窝型，在急性扁桃体炎时即使有分泌物，一般也不会采用灌洗方法，因为急性炎症黏膜充血、肿胀，病人对疼痛比较敏感，所以不会做灌洗，除非局部隐窝很多分泌物堵塞，可以采取灌洗的方法。

慢性扁桃体炎隐窝型，尤其扁桃体隐窝又大又深，表面有分泌物还会咳出来或者拿钳子拨出之后，深部的东西出不来，就会用钝形针头，顺着隐窝口拿生理盐水或者加用庆大霉素做灌洗，用钝形针头在隐窝口冲洗不会引起疼痛。对于很敏感的病人，比如咽反射敏感的病人，也可以局部喷利多卡因表面麻醉剂，病人基本上没有感觉，不会疼痛。