胃镜检查时医生常规进行快速尿素酶试验，检查幽门螺杆菌。通常将胃和十二指肠观察后，在幽门附近5cm范围内，夹取标本放入试剂观察是否变色。排除口腔等干扰因素，直接在胃窦取标本，变成阳性准确说明有幽门螺杆菌产生尿素酶，定位准确。阳性(+)到(++++)说明感染程度较严重，但无准确数字，与尿素呼气试验有差别。

胃镜下还可以进行活检，观察幽门螺杆菌，部分医生会采取该方式，但由个人意愿而定。对于坚决不愿意进行检测患者，可以选择尿素呼气试验替代，也可以根据医生建议进行检查。