电子结肠镜检查前，需做好肠道准备，应规范饮用清肠药物，保证排出清水或至少没有明显粪渣，才能表示已经将肠道洗干净。因为如果未将肠道洗干净，肠镜进入肠腔后，可见粪便附着于结肠黏膜上，可能不容易进境，并且无法较好观察结肠黏膜，导致疾病漏诊。

进入肠镜检查室后，患者应左侧卧位于检查床，在进镜前应用润滑油润滑肛周，首先需进行直肠指诊，然后再将肠镜从肛门塞进肠腔内。通常肠镜外侧也会抹油起润滑作用，以便更好进镜。操作时医生会右手持镜，左手控制遥控方向，在肠镜进入肠腔后推镜，即可完整观察直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠以及升结肠，一直到回盲部，还可通过回盲瓣口进入小肠末端，退镜时可再次仔细观察整个结肠情况，从而完成整个结肠镜检查。