在临床上往往将枯草杆菌这类的肠道益生菌制剂，用于腹泻或腹胀这些消化不良相关症状的缓解，便秘患者服用肠道益生菌后也可以改善肠道内的环境，也可以使正常菌群的生长获得一定的福祉。
枯草杆菌是常应用于临床的一种肠道益生菌，其作用机制主要是通过在肠道内形成可以促进正常肠道菌群生长的环境。从而达到促进肠道正常细菌生长、平衡肠道内环境，从而改善肠道功能的作用。
因此这些正常的肠道菌群可能会产生类似于丁酸等这些短链的脂肪酸，从而达到一定的刺激肠蠕动、促进排便的作用，但这种肠道益生菌往往在治疗便秘的过程中是作为一种辅助药物。
往往还需要共同使用一些促动力药物或增加大便水分含量的药物，比如乳果糖、聚乙二醇等，联合应用可能效果比单药应用更好些。
