心脏肥大通常可以恢复，心脏肥大的程度不同，恢复的程度和所需时间也不同，比如心脏的肥大是因为心肌损伤或心肌炎导致，而且仅仅是轻度的心脏肥大，经过积极的对因治疗或营养心肌的治疗，肥大的心肌可能在短时间之内完全恢复到正常。还有部分心脏肥大程度比较严重的患者，同时病程也比较长，恢复所需时间相对更长。部分人可以完全恢复到正常，但也有部分心肌肥大可能只能部分恢复到正常，所以心肌肥大的预后与肥大的程度和病程呈正相关。
此外还要分析心肌肥大的病因，若是某些继发性的原因导致了心脏肥大，比如高血压导致的左心室的肥厚伴劳损，随着血压得到有效的控制，心脏肥大可以在短时间之内恢复至正常。但如果心脏肥大是因为心肌的病变，比如是肥厚型心肌病，是因为编码心肌的基因出现改变，导致心肌细胞的形态和功能出现异常，此种心脏的肥大可能恢复欠佳，甚至无法恢复。
