耳垂后根部疼痛，首先需考虑有无炎症的可能，此处有可能会因鳃裂瘘管感染而造成疼痛，可检查耳垂根部有无瘘管口或肿胀。如果有瘘管和隆起或有肿胀、结节，考虑为鳃裂瘘管。患者需进行增强核磁共振，查看瘘管大小和范围。如果确诊有鳃裂瘘管，可手术切除。
鳃裂瘘管最重要的是需要排除和面神经的联系，如果鳃裂瘘管范围过大，接触到面神经，手术难度会较大。因为多数鳃裂瘘管会处于腮腺内，核磁共振的目的是排除鳃裂瘘管和腮腺及面神经的关系。如果其解剖结构关系较清楚，手术会变得简单，也不会发生面瘫等严重并发症。
此外，耳朵后面疼痛，少数情况下也有中耳炎的可能性，需寻求医生查看耳朵内有无炎症。
