感染幽门螺杆菌后规范的治疗是用三联或四联方法进行根除，需要选择西药进行治疗。部分病人想要应用中药，目前没有明确的证据证明中药能够根除。幽门螺杆菌治疗的四联疗法分为两种抗生素，一种胶体铋剂，还有一种质子泵抑制剂。四种药物称为四联疗法，如果不加铋剂，则称为三联疗法。
抗生素的选择可以是阿莫西林、喹诺酮类、克拉霉素、呋喃唑酮、甲硝唑等，任选其二。铋剂有复方铝酸铋、胶体果胶铋、枸橼酸铋钾等，任选其一。质子泵抑制剂有奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑、埃索美拉唑等，任选其一。通常疗程是10-14天，一定要足疗程用药，而且药物剂量也有严格要求，一定要按照处方的剂量进行服药。
通常停药1个月，即28天后要及时复查，否则不清楚是否根除，是否存在耐药的问题。因此幽门螺杆菌感染会酌情进行根除，但是治疗的具体方案需要由有经验的消化科医生给予。
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