试管婴儿出生的婴儿与自然受孕相同，可能发生各种出生的缺陷、畸形，部分试管婴儿的宝宝，出生后可能会得先天性心脏病，包括肾脏的疾病、消化道的疾病、手足的发育异常等。原因是常规的试管婴儿不进行基因筛选，部分宝宝可能会因为基因异常导致疾病发生。
基因的异常不一定来自于自己的父母，可能是自己本身基因突变，导致的先天性疾病。此外并非所有的疾病均与基因有关，也可能是在发育过程中所形成，如母体在孕期是否接触过有毒、有害物质，孕期营养、孕期保胎药物等，均会对宝宝的身体健康产生影响，做试管婴儿的女性孕期应加以警惕。如果宝宝有先天性心脏病，可以进行评估，出生后通过做手术治疗，通常可以达到正常人的生活状态。
