幽门螺杆菌通常在规范治疗后1个月复查，即前一次确定阳性，规范开药进行治疗，从停止服用抗生素开始1个月后，进行复查，这是它的诊疗规范，在第5版的幽门螺杆菌诊治指南里有明确介绍。前几版的指南也是停药1个月后复查，但是在停药期间，不能随便吃奥美拉唑之类的抑制胃酸药物，也不能滥用抗生素，否则可影响结果。
复查的时候，若依旧呈阳性，应于3-6个月后再次复查，根据复查结果，决定是否启动第2次治疗。第2次治疗时，与第1次治疗的抗生素不重复，有条件的可做药敏试验，即在胃镜下夹取1小块标本进行细菌培养和药敏实验，能更加精准地选择药物，提高疗效。若第一次根除治疗后根除完毕，再次复查则没有特别的要求，可出现症状或家人有感染，导致感染风险时，再酌情复查。
