扁桃体切除是治疗部分扁桃体疾病非常重要的手段，扁桃体切除，有时也会对人体造成负面影响。

例如扁桃体由于是咽部最大的淋巴器官，同时又是咽部淋巴环的重要组成部分，因此当缺失扁桃体后，在咽部的免疫功能就受到影响。病原体会由于咽部失去保护作用，而对下咽部甚至下呼吸道感染，造成下咽部炎症，或肺炎、支气管炎等。

除此之外，由于扁桃体的表面有大量腺体，其可以分泌黏液及免疫物质，当扁桃体被切除后，腺体所分泌的黏液和免疫物质就自然消失，咽部会出现明显的咽干，有时还会由于免疫物质缺失，而导致咽部长期的慢性炎症。

因此虽然治疗慢性扁桃体炎或扁桃体肿瘤时，有时不得已要做扁桃体的切除手术。然而对于扁桃体切除术的手术方式来治疗疾病，还是要非常慎重，在能够保存扁桃体的情况下，尽量保留。