脑炎手术后的生存时间，主要取决于患者炎症控制的情况。若手术后脑部的弥漫性炎症能得到较为有效的控制，此类患者也有望获得长期生存。若通过神经外科手术，将脑部局部的炎症进行控制，但脑部的大面积水肿性炎症仍在进展，患者也可能会在手术后几周内危及生命。对于脑炎形成脑脓肿的患者，及时进行手术后，应进行4-8周的抗炎治疗。若脑部其他部位的炎症得到有效控制，患者有望获得长期生存。

对于急性水肿性的脑部炎症，有时无需进行神经外科手术治疗，通过选用足量且敏感的抗生素，患者有希望得到明显控制。对于脑炎引起的大面积脑水肿，患者出现明显颅内压增高，有时需进行颅骨的去骨瓣减压，以降低患者颅内压，使患者病情得到更好的控制。部分患者由于脑炎继发脑脓肿，会产生较明显的占位效应，此时需考虑进行脓肿的穿刺引流，或脓肿切除等神经外科手术。