肝包虫病晚期指在肝脏寄生之后，对肝脏的损伤非常明显，以至于出现肝衰或肝脏功能出现严重问题，这种情况下肝脏对人体的解毒功能，受到严重影响，存活时间也就几年的时间。尤其是对于泡球蚴病的患者，泡球蚴一旦发现，在肝内是弥漫性恶性增殖性改变，这种病人在一年之内有存活率，但是在一年之后，由于药物和支持治疗等相互的问题，药物治疗效果不满意，存活率就会明显下降。

另外肝包虫在体内还有严重的情况，就是播散，一旦肝包虫在早期不能够进行切除或者在切除过程中出现问题，后续没有跟进药物性的根治性治疗，就会出现腹腔转移，甚至会出现新的肺包虫、新的肝包虫，腹腔内的大量的播散性的占位，甚至鼓包虫。如果失去手术的机会，单靠药物性的治疗存活时间相对也会有一定缩短。所以对于肝包虫，尤其是对于棘球蚴的病人，在做完手术之后务必要进行药物性根治性治疗。对于泡球蚴的年轻患者，目前可采用肝移植提高生活质量。