脏器损伤临床表现以腹膜炎为主的大部分是空腔脏器损伤，主要包括胃、十二指肠，例如胃穿孔会引起全腹腹膜炎、板状腹。其他的有小肠穿孔、结肠穿孔，都有可能引起腹膜炎。胃肠道除穿孔外，还有其他病变，例如小肠坏死、结肠坏死，坏死后也会表现弥漫性腹膜炎。
由于肠管里有大量细菌，肠管坏死或缺血时细菌就会移到肠外，进入腹腔并大量繁殖，引起感染。另外，胆囊穿孔时也会引起弥漫性腹膜炎，膀胱穿孔也会有尿性腹膜炎。另外实质性脏器损伤也会引起腹膜炎，但通常是血性腹膜炎，比如肝脏破裂、脾脏破裂，血性腹膜炎相对空腔脏器穿孔或坏死引起的腹膜炎程度较轻。
