急性胃肠炎和慢性胃肠炎的最核心的区别是发病时间不同，一般认为1-2个月之内的胃肠炎，如腹痛、反酸、烧心、腹泻等，认为是急性胃肠炎，超过2个月，如果出现腹泻、大便次数增多、腹痛、恶心，甚至呕吐等，认为是慢性胃肠炎。
在给患者诊断胃肠炎，特别是慢性胃肠炎时，需要排除某些疾病，如溃疡性结肠炎，患者在半年内没有经过详细检查，如结肠镜、大便培养等，容易误诊为慢性结肠炎，这时需要做相关检查。
有时不仅仅是急性或慢性胃肠炎，还有可能是比较重要的疾病，如溃疡性结肠炎，甚至结肠癌等，虽然急性胃肠炎和慢性结肠炎主要是时间差别，但需要进行相关检查，排除疾病。
