胃间质瘤总治疗原则为以外科手术治疗为主，部分患者需辅助靶向治疗。治疗方式需根据肿瘤部位、肿瘤大小进行研判，肿瘤较小时，如肿瘤＜2cm，大部分采取内镜下切除手术，可达到治愈效果。而肿瘤＞2cm可能会采取内镜和腹腔镜联合切除手术，此时可能需进行一部分胃壁切除手术，若肿瘤＞5cm可能恶性行为较明显。

根据最后切除的病理诊断、核分裂象会对间质瘤进行研判，可分为低、中、高危险度。中、高危险度患者会辅助于靶向治疗，靶向治疗时间目前为3年，部分患者可延长到5年。