牙根囊肿包括最常见的根尖囊肿、牙源性角化囊肿，还有外伤引起的血外渗性囊肿，以及恒牙囊肿、层釉细胞瘤。其中层釉细胞瘤虽然是肿瘤，但在影像学表现跟囊肿也比较相似。而牙根囊肿按照常见分类，具体的治疗方法如下。
1、根尖囊肿：通常对死髓牙先做根管治疗，然后做手术把囊肿刮掉，部分可能还需要植骨。如果是活髓牙，也可以先做囊肿的刮治手术，然后再观察是否需要做根管治疗；
2、牙源性角化囊肿：如果囊肿不太大，其治疗方法跟根尖囊肿差不多。如果囊肿较大，比如部分都累及到半边下颌骨时，如果强行行刮治手术，可能刮不到位、刮不干净。同时可能会引起意外骨折，这时可以做开窗治疗，如拔除1-2个牙齿，然后每天对囊腔进行冲洗，囊腔会逐渐缩小，等到缩小到一定程度时就可以再做一次手术。这个时候再去刮囊肿就比较容易，引起意外骨折的风险也大大降低，效果就会比较好。如果囊肿完全突破半边下颌骨，开窗效果不会特别好，有可能要将这半边骨头截掉，再从腿上取腓骨来修复下颌骨；
3、层釉细胞瘤：较小时可以进行开窗加刮治，将囊肿刮掉后开窗，每天冲洗。如果反反复复复发，就有可能需要截骨，然后也是从腿上取腓骨来进行修复。