衣原体感染会影响怀孕，虽然很多衣原体感染患者症状并不明显或者没有任何症状。当感染引发尿道炎时，约一半患者有尿频和排尿困难，仅有轻微尿痛或者没有尿痛，还有少量尿道分泌物。若感染发生在宫颈部位时，则表现为宫颈黏液脓性分泌物，可有阴道或者外阴瘙痒、下腹部不适等类似妇科症状。

无症状宫颈衣原体感染容易被忽视，如果由于忽视未被治疗长达1年或更长时间，可出现各种并发症，比如子宫内膜炎、急性输卵管炎、慢性输卵管炎。慢性输卵管炎还可表现为下腹隐痛、腰痛、月经异常及不孕症等，此外衣原体感染还可以导致异位妊娠、不孕、流产、宫内死胎及新生儿死亡。