引起膀胱结石最常见的有两个部分的原因，第一就是上尿路的结石在排的过程中排到膀胱里去，因为能从上尿路排下来，石头都不是很大，可以从膀胱出口排出体外，但是比例并不大。大部分的膀胱结石是在膀胱内自行形成，造成结石的原因也分几种情况，最常见的是由于前列腺增生，膀胱内经常有残余尿，时间久了以后残余尿出现理化性质的改变，容易析出结石核心，进而就逐渐地形成了膀胱结石。由于出口梗阻、残余尿多，这是一个主要原因，很多前列腺增生的患者都伴发有膀胱结石。因为感染以后引起膀胱内的理化性质的改变，细菌的活动也容易析出结石，往往是前列腺增生患者由于尿潴留一潭死水，在这个基础上最先形成了感染，继而就发生了结石，这两个因素合起来的作用最为常见。

第二是由于器械，外科操作留置的尿管或者异物，有的人有异常的性行为，异物停留在膀胱里形成结石核心。有些医疗操作留置尿管，也可以构成膀胱结石，在膀胱结石的形成过程中也是一个不小的比例。由于饮食结构改变，有些人蛋白摄入少，大量地食用植物性的饮食，草酸盐、磷酸盐摄入的多，容易形成结石的核心，在贫困地区和农村经常看到膀胱结石是由这个原因引起。