肛内尖锐湿疣一般3个月，甚至是更长的时间，才会痊愈。肛内尖锐湿疣的治愈时间受多种因素影响，与每次治疗是否规范、彻底有关。
肛内尖锐湿疣与普通部位的尖锐湿疣相比，特点就是位置比较特殊。有的可能比较深在，可以到达肛管齿状线上下部位。
一般采取普通的物理治疗，如激光冷冻。如果不能使肛门括约肌充分放松，通常很难将深部的尖锐湿疣疣体彻底清除，可能会有残余的尖锐湿疣病变组织。一次治疗清除不干净，过一段时间就容易复发。
所以肛内尖锐湿疣，相比于肛外或者外阴部尖锐湿疣，复发率通常更高，治愈也需要更长的时间。通常需要结合光动力疗法等方法，以及药物方法，才能将其清除干净。
有时还需要皮肤科和肛肠科两个科室协同治疗，才可能将其治疗痊愈。具体的治疗时间不是太好判定，多数需要反复3-5次，甚至更长的时间。每次间隔可能2-3周，加起可能需要3个月，甚至是更长的时间，才可能将其治愈。
