卵巢囊肿的危害，多见于卵巢囊肿破裂或卵巢肿瘤蒂扭转，一般卵巢囊肿没有太多危害。对于卵巢生理性囊肿，就是卵巢的黄体囊肿，一般发生在排卵后月经后半期，属于生理性囊肿，对身体没有危害。而且大多数会自行消失，所以不用处理。
而其他囊肿如卵巢炎性囊肿、卵巢子宫内膜异位囊肿，危害主要多见于不孕症。炎症分泌物造成输卵管和卵巢的粘连、包裹，形成输卵管卵巢囊肿，甚至是脓肿，是造成女性不孕症的原因。
女性急性盆腔炎期间，如果没有得到很彻底的、规范的治疗，会形成慢性炎症，会形成盆腔粘连、包裹，导致输卵管的粘连、梗阻，会影响女性怀孕。
而子宫内膜异位囊肿也叫巧克力囊肿，是子宫内膜异位病灶，种植在输卵管和卵巢部位及盆腔腹膜。引起不孕症的原因很多，其中卵巢巧克力囊肿引起局部的粘连、梗阻，输卵管不通畅，也是常见原因。
