扁桃体结石有时积聚过多，在吞咽动作如咳嗽，或恶心、呕吐等情况下，可能会自行脱落。对于成年人，这种脱落通常没有风险，但部分患者可能会结石脱落后坠入气道，引发气管异物，通常多见于老年人或幼儿，由于喉、气道功能尚不完善或退化而出现上述情况，建议前往当地医院耳鼻喉科门诊就诊，明确诊断是否为气管异物，必要时行气管异物取出术。
大部分扁桃体结石，通常不会自行脱落，较小的结石有时可以没有任何症状，若患者出现明显咽内异物感或口臭，可以考虑用镊子或吸引器将结石取出。而较大结石有时可能会阻塞扁桃体引流，引发局部炎症、疼痛或全身发热等不适，此时要前往当地医院耳鼻喉科门诊就诊，有时取出困难，可能需要在局部浸润麻醉下切开排石。
