急性肠胃炎药物治疗主要针对病因学，其病因学具体有以下几种：
1、细菌性感染：如沙门氏菌、革兰氏阴性杆菌或金黄色葡萄球菌感染时，需服用较广谱的抗生素，如喹诺酮类药物中的利复星等，也可边诊断边治疗，还可留取大便培养、血培养，做药敏学实验；
2、病毒性感染：轮状病毒或诺瓦克病毒感染，虽然没有特异性的抗病毒治疗，但可对症治疗，如患者出现恶心、呕吐、腹泻，可以给予抑制胃酸分泌、保护肠黏膜和胃黏膜、增加肠道有益菌群的治疗，即可以口服法莫替丁、奥美拉唑(奥美拉唑肠溶胶囊)、肠黏膜保护剂如铝镁加混悬液等。如果存在肠道菌群紊乱，还可及时补充肠道有益菌群如培菲康(双歧杆菌三联活菌散)等。如果一次性大量地失水较多，可口服补液盐补充水分及电解质。
