肠镜检查的时间可长可短，可能15分钟左右完成，而较为困难的肠镜检查，可能超过1小时左右。决定肠镜检查时间长短的因素，主要包括医生的熟练程度、肠道准备的清洁程度、结直肠的解剖结构和状态，以及检查时的肠道活动状态。具体如下：

1、如果检查医生的经验不足，可能检查时间较长，熟练的医生可能较快进镜到达回盲部，在经过详细的退镜观察后，便能完成肠镜的检查；

2、如果患者的肠道清洁准备不够，肠道中存在着稀便、蛋花样便，可能影响到进镜程度，甚至影响到肠道内黏膜组织观察，还可能遗漏小的结节；

3、另外肠道内存在大便，可能有时使患者的肠蠕动增快，影响到进镜，需要等待肠蠕动消失，才能够继续进镜；

4、部分患者先天性的肠道弯曲度数较大，可能120°甚至180°的转弯状态，所以肠镜通过拐弯处较为困难，也是决定检查肠镜快慢的因素。除先天性因素外，肠道角度可能与剖腹产或腹腔手术有关，因此有时可能因结肠的脾曲或肝曲没有通过，而导致检查未完成的情况发生。