如果单单是扁桃体肿大，并没有引起任何不适，比如没有张口呼吸、打鼾、扁桃体的反复发炎，可以不用切除，也不会造成危害。但是如果扁桃体肿大反复发炎，单年发作超过7次，连续2年每年超过5次，连续3年每年超过3次，这时建议行扁桃体的切除。由于在这时扁桃体并没有太强的免疫功能，反而是口咽部的细菌培养基，不停地向体内释放有害病菌，或者是其他物质，造成机体免疫功能低下。
部分扁桃体肥大的患者，会出现口咽通气道的阻塞，从而造成张口呼吸、打鼾，此情况下也建议行扁桃体的切除。部分孩子反复的下呼吸道感染、支气管炎肺炎，儿科找不到明确病因，耳鼻喉科检查发现扁桃体过度肥大，是造成下呼吸道反复感染的原因，此情况下也建议行扁桃体切除。因此扁桃体肥大是否切除，关键看有没有相应的并发症，如果没有不切，也不会造成危害。
