引起手足口病常见的病毒类型主要有柯萨奇病毒A型、柯萨奇病毒B型、肠道病毒71型、ECHO病毒。每个类型的病毒有很多血清型，比如柯萨奇病毒A型具有2型、9型、10型、11型等，柯萨奇病毒B型有7型、11型等；另外，肠道病毒71型很容易引起重症手足口病，进而导致患者死亡。
如果机体患有手足口病后产生的抗体，能维持较长时间，但各个血清型之间交叉免疫反应比较少，所以并不意味着以后不会再得手足口病。因为该血清型的病毒虽然不会再导致手足口病，但其他血清型的病毒还可以导致手足口病。所以手足口病可以反复出现，因为导致手足口病的病毒并不是只有一种。
