巧克力囊肿是一种卵巢型的子宫内膜异位囊肿，其发病原因在于子宫内膜异位至卵巢。异位的子宫内膜在卵巢内保持活性，并在周期性雌孕激素水平作用下发生周期性增殖与剥脱出血。
与宫腔内的子宫内膜不同，异位在卵巢的子宫内膜形成的出血无法像月经那样通过宫颈阴道排出体外，导致血液在卵巢内部积累形成囊肿。
随着时间的推移，这些囊肿内的水分被吸收，内部的陈旧性血液变得粘稠且颜色加深，形似巧克力液，因此得名巧克力囊肿。
这种囊肿可能导致痛经、腹痛，而长期存在的巧克力囊肿有时可能自发性破裂，引发急腹症。部分巧克力囊肿可能会有少量破裂，使内容物流出，进而影响周围的输卵管、卵巢、子宫后壁、大网膜、阔韧带、盆腔腹膜和肠系膜。
与这些组织形成密切的粘连。这样的变化可能损害输卵管的蠕动和伞端的拾卵功能，长期下来可能严重影响女性的生育能力。
尽管巧克力囊肿是良性疾病，但是其复发风险、导致不孕的风险以及严重疼痛的风险都较高。因此，对于这种疾病，应予以充分重视并进行及时治疗。治疗后，患者应考虑尽早完成生育，并持续接受预防复发的治疗与定期随访。
