对于腘窝囊肿最好的治疗方法为手术切除，若因为特殊情况患者无法进行手术治疗，则可以采取保守治疗方法。腘窝囊肿主要是由于腘窝部滑膜囊因为各种刺激，异常分泌滑液使自身发生膨大。

对于腘窝囊肿治疗可以采取保守治疗方法，例如可以通过穿刺方法抽出腘窝囊肿内积液，囊肿体积变小后对关节影响明显减轻，此类保守治疗通常可以反复多次进行。但随时间延长，腘窝囊肿囊壁会不断增厚，增厚到一定程度以后穿刺作用越来越小，此时需要进行手术切除，将囊壁连同囊液进行切除，属于根治方法。