女性在上厕所时疼痛，可能是由泌尿系统、消化道或盆腔的问题所导致，具体如下：

1、泌尿系统疾病：若在上厕所时存在尿频、尿急、尿痛的症状，考虑是由于泌尿系感染所导致，是由病原微生物造成膀胱及尿道感染而导致的尿道黏膜刺激症状；

2、消化系统疾病：常见为痔疮、肛裂，排便时由于腹压的增加，会导致痔疮痔核脱落以及肛裂的加重而出现明显的疼痛感觉；

3、盆底功能障碍：由于创伤、年龄等因素，使盆底功能障碍，失去正常的解剖形态以及生理功能，对于盆腔脏器的支撑能力的削弱。在排便时，腹压的增加会使得阴道壁、直肠、膀胱以及子宫的宫颈等出现脱垂，牵拉盆部肌肉以及韧带而出现疼痛的感觉。