高位复杂性肛瘘一般采取手术治疗，因为非手术治疗没什么效果。对于简单的低位单纯肛瘘会采取注射蛋白胶栓塞方法，成功率只有25%，一般不主张使用这种方法。

绝大多数肛瘘都需要手术治疗，特别是高位复杂性肛瘘。虽然手术难度较大、并发症较多，但只有手术才能根本解决问题。手术方法有肛瘘瘘管切除、肛瘘瘘管切开，以及挂线，高位肛瘘以及高位复杂性肛瘘一般采取挂线疗法或者部分切除瘘管，部分挂线这种杂交方法同样可行。

如果病人经过多次手术后仍然复发，应评估手术风险，肛门功能情况决定是带瘘生存还是还是再继续手术。