奥美拉唑在短期服药期间一般不会出现明显的不良反应，绝大多数患者不需要长期服药，如对于消化性溃疡的患者，服用周期可能在4-8周，部分患者如有反流症状服药时间可能会稍微长一些。但也有少部分患者在服药的过程中可能出现并发症，具体如下：
1、恶心、呕吐、腹胀及便秘，还有患者可能会出现一过性的转氨酶升高、头痛、头晕等神经系统方面的不良反应。一般情况下副作用都比较轻微，绝大多数患者即使出现轻微的症状也可自行消失，不需要停药；
2、长期服药患者可能会出现低钙、低镁血症，所以对于长期服用患者要注意监测电解质变化。
