狐臭手术后有后遗症，但后遗症不是严重的并发症，只是会遗留有痕迹等问题。比如手术有切口，尽管切口再小，也会留有瘢痕的痕迹。切口相对比较隐匿，在腋窝内或在周边较小的切口。目前可以做到1cm的小切口，其相对不明显，做腋臭的目的是将大汗腺破坏，大汗腺破坏之后，才能没有异味。
大汗腺的位置与毛囊根距离较近，在去除大汗腺时，会破坏毛囊根，腋毛会消失或较少，对女性影响并不大，但对男性可能会带来影响。如果患者想通过腋臭手术进行根治，则无法留有腋毛。如果想留有腋毛，可以尝试局部注射肉毒素，或者激光类治疗，此方式可能相对短效。
